Mahkamah Syariah diberi nama Mahkamah Kadi(dahulunya sebelum pemisahan antara dua agensi ini berlaku) telah diberi kuasa menjalankan peraturan dan peruntukan Undang-undang Pentadbiran Agama Islam bagi setiap negeri dan daerah di Malaysia. Bidang kuasa yang diberikan adalah seperti perkahwinan, penceraian, kekeluargaan serta penyelesaian harta pusaka kecil.

Mahkamah Syariah menjalankan tugas yang berasingan dengan Pejabat Agama. Pejabat Agama menjalankan pentadbiran dalam hal-hal yang bersangkut dengan masyarakat Islam seperti urusan zakat, Baitulmal, dakwah, pendidikan,pengurusan masjid dan sebagainya mengikut kuasa bagi setiap negeri berkenaan di Malaysia. Pada masa kini semua Mahkamah Syariah telah terpisah pentadbiranya dengan Jabatan Agama Islam.Mahkamah Syariah telah ditukar identitinya menjadi Jabatan Kehakiman Syariah Negeri.Kebanyakan negeri menjadikan Majlis Mesyuarat Dewan Undangan Negeri sebagai institusi yang tertinggi(pembuat dasar) dan diikuti Majlis Agama & Istiadat,Jabatan Mufti,Jabatan Kehakiman Syariah dan Jabatan Agama Islam.